کارگاه های آموزشی

نهمین همایش بیوانفورماتیک ایران

نهمین همایش بیوانفورماتیک ایران در نظر دارد در طول همایش اقدام به برگزاری چندین همایش توسط اساتید به نام بیوانفورماتیک نماید.

لازم به ذکر است که برای هر روز، دو کارگاه برنامه ریزی شده است که با هم تداخل دارند و هر فرد برای هر روز می تواند فقط در یک کارگاه ثبت نام نماید.

برای ثبت نام می توانید وارد پروفایل خود شوید و در قسمت “ثبت نام کارگاه های آموزشی” از منو نسبت به ثبت نام و پرداخت هزینه اقدام فرمایید.

کارگاه داروها و اپلیکیشن‌های مرتبط با آن:

مدرس: دکتر چنگیز اصلاحچی

تاریخ برگزاری پنج شنبه 22 اسفند 1398

طول دوره: 8 ساعت

سرفصل‌ها

  • معرفی مفاهیم اولیه:
    • دارو
    • Target
    • Enzyme
    • Transporter
    • Pathway
    • Indication
    • Side effect
  • معرفی دیتابیس‌های مرتبط با دارو:
    • DrugBank
    • Sider
    • TwoSide
    • PubChem
    • OffSides
    • STiTCH
  • آشنایی با دیتابیس‌های فارماکوژنومیکس:
    • CCLE
    • GDSC
    • NCI
  • معرفی پکیج‌های مرتبط در R و نحوه استفاده و کاربرد آن‌ها در حل مسائل:
    • Pharmacogenomix
    • ICminer
  • معرفی توابع محاسبه شباهت و انواع ویژگی‌های مختلف برای دارو
  • معرفی مسائل مرتبط در زمینه دارو


آشنایی با آنالیز داده های متاژنوم با استفاده از Galaxy

مدرس: دکتر کاوه کاوسی

تاریخ برگزاری پنج شنبه 22 اسفند 1398

طول دوره: 8 ساعت

ما در این درس می‌خواهیم به‌صورت عملی و کاربردی و البته به‌صورت ساده فرایند تحلیل داده‌های متاژنوم و استخراج اطلاعات کاربردی از آنها را آموزش دهیم. مخاطب این دوره می‌تواند دانشجویان بیوانفورماتیک، زیست‌شناسی، ژنتیک، میکروبیولوژی، بیوتکنولوژی، پزشکی باشد. با توجه به اینکه داده‌ها و پردازش‌های مربوط به این حوزه بسیار حجم هستند، بنابراین نیاز به سخت‌افزار و نرم‌افزارهای مناسب دارد. وب سرویس‌های Galaxy، سرویس‌هایی هستند که به‌صورت رایگان خدمات سخت‌افزاری (پردازشی و ذخیره‌سازی) و همچنین نرم‌افزاری را در اختیار کاربران قرار می‌دهد. ما در این کارگاه از امکانات مربوط به این وب سرویس‌ها برای آنالیز داده‌های متاژنوم استفاده خواهیم کرد.

سرفصل‌های آموزشی تحلیل داده‌های متاژنوم با استفاده از Galaxy

  • پیش‌پردازش داده‌های توالی یابی شده
  • بررسی و تبدیل داده‌ها به فرمت استاندارد
  • هرس داده‌ها و تبدیل داده‌ها به فرمت مناسب با استفاده از ابزار Trimmomatic
  • کنترل کیفی داده‌ها با استفاده از نرم‌افزار FastQC
  • بدست آوردن فراوانی باکتریایی داده‌ها
  • استفاده از نرم‌افزار Metaphaln2 برای مشخص کردن فراوانی باکتریایی موجود در هر نمونه
  • استخراج اطلاعات بر اساس نگاشت توالی
  • معرفی کاتالوگ‌های ژنی مناسب
  • پیش پردازش اولیه بر روی کاتالوگ ژنی
  • نگاشت توالی‌های نوکلئوتیدی با استفاده از نرم‌افزار Bowtie2 به کاتالوگ نوکلئوتیدی
  • استخراج اطلاعات بر اساس نرم‌افزارهای Samtools
  • نگاشت توالی‌های نوکلئوتیدی با استفاده از نرم‌افزار Blast-NCBI به کاتالوگ‌های پروتئینی
  • استخراج اطلاعات بر اساس اسمبلی توالی‌ها
  • معرفی نرم‌افزارهای اسمبلی توالی‌های متاژنوم
  • اسمبلی داده‌های متاژنوم با استفاده از نرم‌افزار Metavelvet و تولید کانتیگ‌های بزرگ‌تر
  • استفاده از نرم‌افزار مبتنی بر وب MetaGeneMark برای پیشگویی ژن‌های موجود در توالی‌ها
  • بدست آوردن توالی‌های نوکلئوتیدی و پروتئینی برای ژن‌های پیش گویی شده
  • حذف توالی‌های تکراری و تولید کاتالوگ ژنی مناسب با استفاده از نرم‌افزار CD-HIT
  • استخراج اطلاعات تفسیر شده از پایگاه داده KEGG
  • استخراج گروه‌های ارتولوگ بر اساس توالی ژنی (KO)
  • استخراج گروه‌های آنزیمی بر اساس KOها
  • استخراج واکنش‌های مرتبط با آنزیم‌ها

نکات:

# کارگاه به صورت عملی می باشد.

# آشنایی اولیه با مفاهیم NGS و داده های آن الزامی است.

#کارگاه با استفاده از سرور Galaxy و به صورت آنلاین برگزار می شود.

# به همراه داشتن لپ تاپ شخصی با قابلیت اتصال به اینترنت به صورت وای فای ضروری می باشد

دوره طراحی محاسباتی دارو شامل مفاهیم QSAR و مدلسازی فارماکوفور

مدرس: دکتر سجاد قرقانی

تاریخ برگزاری جمعه 23 اسفند 1398

طول دوره: 8 ساعت

زندگی انسان همواره با وقوع انواع بیماری‌هایی‌که سلامت او را به مخاطره انداخته، رو به رو بوده است و یکی از مهمترین دغدغه‌های محققان یافتن داروهای موثر، برای رفع این معضل و یا کاهش عوارض این بیماری‌ها بوده است. بنابراین داروهای ایده آل، همیشه مورد در خواست جامعه بشری هستند. در گذشته روند کشف و توسعه داروهای جدید، به روش آزمون و خطا صورت می‌گرفت که روشی وقت‌گیر و هزینه‌بر بوده است. برای پرداختن به این چالش ها چندین روش بین رشته ای برای روند توسعه دارو مورد نیاز هستند که در مجموع مبنای طراحی داروی منطقی را تشکیل می دهند. امروزه روند پیشرفت در علوم کامپیوتر و محاسبات منجر به جایگزینی روشهای منطقی و محاسباتی به جای روشهای سنتی و تصادفی در زمینه طراحی دارو شده است. بنابراین طراحی محاسباتی دارو به صرفه­ جویی در زمان و هزینه های آزمایشگاهی و پژوهشی می انجامد. محتوای این کارگاه در دو بخش شامل «بخش اول: مقدمه ای بر فرآیند طراحی دارو- آموزش عملی QSAR به همراه ارائه ابزارهای مورد استفاده» و «بخش دوم: مدلسازی فارماکوفوری به همراه معرفی وب سرورها و ابزار های مورد استفاده» تهیه شده است. انتظار می رود این کارگاه به دانشجویان و محققان کمک کند تا به فراخور رشته و نیاز خود، درک اولیه برای ورود به دنیای طراحی دارو را کسب نموده؛ سپس متناسب با نوع فعالیت­های علمی خود پایه­ ی محاسباتی و ریاضیاتی خود را تقویت نمایند.

سرفصل مطالب:
1- آموزش QSAR بصورت تئوری و عملی:

  1. معرفی QSAR  و مفاهیم اولیه
  2. 2-    انتخاب و آماده سازی داده ها
  3. 3-    رسم و بهینه سازی ساختار ترکیبات
  4. محاسبه توصیف کننده ها
  5. انتخاب توصیف کننده های مهم
  6. مدسازی خطی و غیر خطی
  7. 7-    ارزیابی مدل
  8. معرفی ابزارهای مورد استفاده برای مدلسازی QSAR

2- آموزش مدلسازی فارماکوفور بصورت تئوری و عملی: 

  1. معرفی فارماکوفور و مفاهیم اولیه 
  2. معرفی ابزارهای مختلف مدلسازی فارماکوفور
  3. 3-    ایجاد مدل فارماکوفور بر اساس ساختار کمپلکس دارو-پروتیین
  4. ارزیابی مدل فارماکوفور
  5. استفاده از مدل فارماکوفور برای غربالگری مجازی

آشنایی با آنالیز داده های ترنسکریپتوم با استفاده از گلکسی

مدرس: دکتر کاوه کاوسی

تاریخ برگزاری جمعه 23 اسفند 1398

طول دوره: 8 ساعت

سرفصل ها:

  • معرفی پایپلاین (Tuxedo (HISAT+StringTie+Ballgown برای آنالیز داده های ترنسکریپتوم
  • معرفی داده پایگاه های مربوطه به داده های ناشی ازRNA-seq
  •  کنترل کیفی خوانش های توالی یابی
  •   ویرایش و حذف خوانش های نامطلوب
  •   نقشه یابی خوانش ها روی ژنوم مرجع
  •   اسمبلی خوانش ها
  •   شمارش خوانش های مربوط به هر ژن و بررسی تفاوت بیان ژن ها
  •   بررسی Gene Ontology

نکات:

# کارگاه به صورت عملی می باشد.

# آشنایی اولیه با مفاهیم NGS و داده های آن الزامی است.

#کارگاه با استفاده از سرور Galaxy و به صورت آنلاین برگزار می شود.

# به همراه داشتن لپ تاپ شخصی با قابلیت اتصال به اینترنت به صورت وای فای ضروری می باشد